Në vendlindje ai mori edhe mësimet e para. Më 1865 familja u shpërngul në Janinë, ku bashkë me vëllanë më të vogël Samiun, mbaroi gjimnazin grek “Zosimea”.

Më vonë punoi pak muaj në Stamboll, si nëpunës në zyrën e shtypit, por iu shfaq tuberkulozi dhe u kthye në vendlindje për klimë më të mirë. Në Stamboll, Naimi ishte ndër botuesit kryesorë të revistës “Drita”, më pas “Dituria” (1885), ku ai botoi edhe shumë proza e vjersha të tij.

Gjatë rikthimit në Shqipëri ishte nëpunës në Berat e më pas doganier në Sarandë (1872-1877). Në këtë periudhë Naim Frashëri shkroi edhe pozitë e para në shqip. Nën ndikimin e ngjarjeve historike, sidomos të Lidhjes Shqiptare të Prizrenit – njëri nga udhëheqësit e së cilës ishte Abdyli, vëllai i tij më i madh, dhe nën ndikim e veprimtarisë kulturore patriotike të Shoqërisë së Stambollit, në krye të së cilës ishte Samiu – Naim Frashëri iu kushtua tërësisht letërsisë shqipe.